El Calasancio es el gran referente del balonmano en La Rioja merced al enorme trabajo que ha realizado desde su fundación. Ha iso creciendo gracias a la aportación de hombres como José Miguel Moreno ‘Papi’, Luis Alberto Gonzalo ‘Teto’, Carlos Argomániz, Alberto Carrascón, Toño Díaz o José Luis Goñi entre otros. En la actualidad, personas como Juanjo García Lalinde, Pedro María López o Unai Rudíez, con todos los años de dedicación que llevan, siguen engrandeciendo la historia de la sección. Siempre que se dan nombres se corre el riesgo de olvidar a gente importante, por lo que pedimos disculpas de antemano, pero ellos consolidaron una estructura con equipos en todas las categorías.

Los mejores años coincidieron con las fases de ascenso a Primera División Nacional, disputadas en Escolapios, además de la temporada 1997-98, en la que el club cumplió el sueño de militar fugazmente en esta categoría. Pero esa experiencia sirvió para darse cuenta de que en el deporte actual, un club que tiene una concepción altruista del trabajo no puede aspirar a esas metas. Otro hito histórico se alcanzó en la temporada 2016-2017, cuando nuestro equipo juvenil masculino logró meterse entre los ocho que disputaban la fase final del Campeonato de España Juvenil, celebrada en Sevilla en mayo de 2017, enfrentándoles en el grupo al Barcelona, Alcobendas y Montequinto de Sevilla. Previamente, para ganarse el derecho a estar en esta fase final, habían quedado campeones de la fase zonal celebrada días antes en Zarauz, derrotando a los campeones de Euskadi, Cantabria y Asturias (Amenábar Zarautz, Sinfín de Santander y Grupo Covadonga de Gijón).
Sin duda alguna, el mejor reconocimiento al trabajo de esta sección, por encima de premios, es la trayectoria deportiva de algunos jugadores. Fernando Benés, salido de la cantera del Calasancio de Logroño, llegó a ser internacional absoluto con la Selección Española, y ha jugado trece temporadas en la máxima competición española, la liga Asobal, en equipos como el Naranco de Oviedo, Teucro de Pontevedra y Ademar de León. A lo largo de la historia, los equipos del Calasancio han ganado numerosos títulos de liga, y han representado al balonmano riojano en diferentes Campeonatos de España juveniles y cadetes.
También es importante resaltar que han salido de nuestras filas otros jugadores que han jugado en Asobal, ABF y otras categorías nacionales, incluso llegando alguno de ellos a ser internacionales en selecciones base de España. Es el caso de José María Bozalongo, que ha militado varias temporadas en Asobal, máxima categoría del balonmano masculino español, o Nagore Sáenz, militante en la liga ABF, máxima categoría femenina. Jugadores actuales en Asobal en el Ciudad de Logroño son los hermanos Eduardo y David Cadarso. Y no queremos olvidar a jugadores que actualmente militan en equipos de División de Honor Plata Masculina, Primera Nacional Masculina y División de Honor Plata Femenina. Es el caso de Ernesto López (internacional juvenil), Javier Espinosa, David Villoslada, César Estebas, Miguel Matute, Guillermo Castaño, Sara Sicilia, Lucía Carrascón, Alba Ibáñez o Ángela Zangróniz.
Actualmente, los equipos sénior de balonmano están orientados a servir de proyección para los jóvenes que provienen de categorías inferiores. Militan en el grupo Rioja-Soria de Segunda División Nacional. Varios de esos jugadores, al igual que otros de categoría juvenil, son entrenadores de los equipos inferiores de la sección de balonmano del club. Como curiosidad dentro de la sección, mencionar la coincidencia en el club durante varias temporadas, de un padre y sus dos hijos jugando al balonmano. La familia Bozalongo representa el ideal de lo que en el aspecto educativo pretende ser el Calasancio.